日本石龟区分纯不纯，主要看外观。纯种日本石龟稚龟与成龟的外观区别很大，稚龟的背甲为棕色，花纹不明显，而随着年龄的增加，日本石龟的背甲有着很大的变化，主要表现在背甲上的花纹逐渐明显。纯种日本石龟整体基本上都是棕色的，而头部颜色会稍浅一些，两侧和颌部上长有深色的斑点。可能有一条棱突，其上也许会有一条浅色的条纹，但也许没有。后缘呈明显的锯齿状。背甲上可能具有清晰的特征性的年轮，还可能会有由放射状的细沟构成的精致纹样。